През академичната 2013/2014 г. Нов български университет предлага  17 нови магистърски програми, съобразени с изискванията на пазара на труда и тенденциите на общественото развитие. НБУ провежда през 2013 г. поредица от кръгли маси с представители на бизнеса, на които динамично се обсъждат програмите на университета, нуждите на бизнеса от специалисти в съответните области и възможностите пред студентите за провеждане на практики, стажове и бъдеща професионална реализация.

С редовна форма на обучение
Журналистика 3.0 (онлайн преса, радио и телевизия)
Информационни системи в здравеопазването
Киберсигурност
Международни бизнес комуникации (на английски език)
Международни отношения и публично управление (на френски език)
Плакат и комуникативен дизайн
Рекламен мениджмънт и визуален брандинг
Социална работа
Средиземноморският свят: Елада, Рим и Древният Близък изток
Стратегическо лидерство (на български или английски език)
Сценичен дизайн и медии
Театрално изкуство и общество
Управление на връзки с обществеността

С дистанционна форма на обучение
Геотехника и възобновяеми енергийни източници – ДО
Дизайн на електронни издания и уеб сайтове (на английски език) - ДО
Киберсигурност – ДО
Културен туризъм - ДО

Магистърските програми на университета са общо 94, като  11 от тях са в дистанционна форма на обучение. 

8 от магистърските програми са на английски език и една на френски – „Международни отношения и публично управление“. Срокът за кандидатстване в магистърските програми на НБУ е от 3 юни до 29 септември 2013 г.

След първата година от обучение студентите от бакалавърски и магистърски програми имат възможност да кандидатстват за академични и социални стипендии.

Условията за това са описани на http://nbu.bg/index.php?l=1665
Повече информация за програмите на НБУ може да видите на http://ecatalog.nbu.bg/